1. 수확작업
마늘 수확 후 관리작업에는 뽑기, 흙제거, 건조, 줄기절단, 포장저장 등 여러 가지가 있으며 각 작업단계는 종구 품질에 직간접적으로 영향을 미치게 된다. 마늘 수확을 쉽게 하기 위해서 대부분의 농가에서는 비가 온 후나 스프링클러를 이용하여 물을 뿌린 후에 수확하게된다.
토양수분이 많은 조건에서 수확하게 되면 뿌리에 흙이 많이 붙게되어 흙털기 작업을 하거나 조제과정에서 취급 부주의로 마늘 인경에 충격이 가해 저장중에 인편부패율 14.7%가 발생되었고 무충격의 3.6%보다 부패율이 높았다.

2. 건조방법
마늘잎이 1/3~2/3정도 황변되면 수확하여 밭에서 잎이 완전히 갈변될때까지 건조시킨 후 줄기를 절단하여 망작업하거나 다발묶음으로 저장하게 된다. 또한 남도마늘은 대부분 얕게 파종하고 품종특성상 열구되는 비율이 다른 품종보다 높다.
따라서 햇볕에 장기간 건조시킬 때 열구 부위의 노출된 인편이 껍질이 열개되어 저장중에 갈변증상을 일으켜 깐마늘의 품질을 악화시킨다. 인편의 외피가 열개되어 열구된 부위를 햇볕에 노출시켰을 때 건조기간이 길어짐에 따라 인편의 껍질이 열개되는 구율이 높았다.

3. 저장방법
선발된 씨마늘은 직사일광을 피할 수 있고 통풍이 잘되는 장소에서 보관해야 한다. 재래식 방법으로 응달의 처마밑에 50~100주씩 묶어서 매달아 두면 무난하지만 재배면적이 많거나 공동집단재배 등으로 종구소요량이 많을 경우에는 별도의 종구저장시설이 필요하다.
창고 등의 영구적 시설을 이용하거나 비가림 하우스 건조시에는 고온다습한 조건에서 건조시 마늘에 열상을 받기 쉽기 때문에 반드시 통풍이 잘 되는 하우스 안에서 건조해야 한다.