보통 천마의 수확시기는 꽃대가 출현했을 때를 최대 성장기로 보아 이때를 수확 적기로 보면 된다. 수확은 종마심기와 마찬가지로 봄(3∼4월), 가을(10∼11월)에 실시한다. 봄철 수확은 자가소화 현상이 일어나 중량이 감소되고 품질이 저하되므로 가을철 수확이 바람직하다. 천마는 다년생 식물로 괴경번식을 하기 때문에 수확을 서두를 필요는 없다. 수확방법은 피복물을 걷어내고 손으로 윗부분의 흙을 조심스럽게 걷어내면서 성마의 추대아가 있는 것만 수확하고, 기반이 흔들리지 않게 다시 피복헤 둔다.

수확시에 뽕나무 균사속을 손상시키면 자마활착이 늦어지므로 수확시에는 표토를 조심스럽게 걷어내어 천마를 꺼내는 것이 좋다. 또 백마는 가능한한 움직이지 않고 수확을 하여야 다음해에도 수확할 수 있다. 1∼2년간은 같은 방법으로 수확하고 3년째에는 골목의 영양분이 거의 없어지므로 골목을 파내면서 자마, 성마 모두를 수확한다. 천마를 한 개 심어서 크기가 큰 천마 한 개를 수확한다면 수량은 크게 증가하지 않는다.

특히 천마는 자마를 구하기가 무척 어려우므로 종마를 심은 곳에서 꽃대가 올라와서 그 자체는 사멸되고 그 장소에서 천마를 얻게 되고 자마도 얻기 쉽다. 뽕나무버섯의 균사생장이 양호하고 토양조건과 입지조건이 좋을 때는 봄에 접종하면 당년 가을에 1개의 기주가 완성되나 가을에 접종하면 그 다음해 가을에 수확할 수 있다. 백마나 마미는 수확하여 다시 심는다. 백마와 마미를 심었을 때는 꽃대가 2개 나왔을 때 수확을 하여야만 다수확을 할 수 있다. 천마가 40g 이상인 것은 수확하여 가공후 한약재로 사용하고 30그램이하의 것은 자마로 이용한다.

수확시 원목에서 생장된 뽕나무버섯의 균사속을 손상시키면 자마활착이 늦어지므로 상처가 나지 않도록 주의하여야 한다. 수확량은 3.3㎡(1평)당 5cm 길이 자구가 2년후에 약 15kg, 3cm 크기는 13kg, 1cm 크기는 약 7kg이며 증식배수가 2∼13배로 증식된다.