건답직파는 건답상태로 30∼40일동안 재배되기 때문에 잡초발생량 뿐만아니라, 발생폭이 넓으며 잡초생육 정도가 빨라 쉽게 군락이 형성되어 벼의 생육에 매우 불리한 조건으로 바뀌어진다. 건답직파논의 가장 문제 잡초는 피가 되며 피만 성공적으로 방제하면 잡초방제는 거의 성공적이라고 할수 있으나 최근에는 가막사리, 사마귀풀등이 새로운 문제 잡초로 나타나게 되어 이들 잡초에 대한 방제가 시급한 실정이다.
건답직파논에 발생하는 잡초를 효율적으로 방제하기 위해서는 올바른 제초제를 선택하여 그 제초제의 특성에 맞게 사용적기를 준수하여야만 제초 효과를 높일 수 있다. 현재 건답직파논에 잡초방제를 하기위해 보급된 제초제는 토양처리제인 마세트등 3약종과 피 2∼3엽기이내 경엽처리 사용제초제인 프로닐 혼합제가 보급되어 사용되고 있었으나 1997년도부터 파종후 20∼25일(피4∼5엽기)에 처리할 수 있는 싸이할로프＋벤타존 미탁제등 5종이 보급되어 사용되고 있다.

그러나 경엽처리 제초제는 사용엽기의 폭이 좁은 단점이 있어 사용적기를 놓칠 경우에는 약효를 기대하기 어려우므로 직파재배용 제초제 선발 및 제초제의 효과적인 사용법이 시급한 실정일 뿐만아니라 제초제 1회 살포만으로 건답직파재배논에 발생하는 잡초를 완전 방제하기 어렵기 때문에 건답기간중 포장의 잡초 발생 양상을 정확히 파악후 건답기간 및 담수후에 제초제를 적절히 체계처리함으로 효과적으로 잡초를 방제 할 수 있다.